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太平洋戦争終結後、日本へ進駐したGHQが最初に命じたのは「忍者」組織の解体だった。それにより全ての忍者は消滅したかに見えたが、彼らは世界中のあらゆる機関に潜伏し、現代でも暗躍していた。その数は約20万人と言われている。忍者組織NIN」に所属する末端忍者・雲隠九郎(下忍)。"ある重大な忍務にんむ” を言い渡される。ある組織の動きを調べること。その名は――アンダーニンジャ」忍術、知略、そして最新テクノロジー。すべてを駆使した、かつてない戦いが今、始まる――‼