C.E.70年。経済圏の確立を求めるコーディネイター(ザフト)とナチュラル(地球連合)の軋轢は「血のバレンタイン」の悲劇によってついに武力衝突へと発展した。モビルスーツを要するザフトを各地で地球軍が圧倒するが、戦禍は予想に反し長引いていく。「血のバレンタイン」から11ヶ月が経った頃、中立国の工業コロニー<ヘリオポリス>に住むコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、ザフトによるガンダム奪取作戦に巻き込まれる。その奪取作戦にはザフトの軍人となった、キラのかつての親友アスラン・ザラが参加していた。戦火の中、運命的な再会を果たす二人。しかしキラは、ナチュラルである友人を守る為、唯一奪取を免れたストライクガンダムに乗り、アスランと敵対することになるのだった…。
『機動戦士ガンダムSEED』TVシリーズに新規カットを加え、16:9のアスペクト比とHD画質で再撮影した特別編。
PHASE-01~21で構成された第1部「虚空の戦場」、PHASE-22~40で構成された第2部「遥かなる暁」、そしてPHASE-41~FINAL PHASEで構成された完結編「鳴動の宇宙(そら)」の3部作で構成されている。