第二次ネオ・ジオン戦争(シャアの反乱)から12年。
U.C.0105——。地球連邦政府の腐敗は地球の汚染を加速させ、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」も行っていた。
そんな連邦政府高官を暗殺するという苛烈な行為で抵抗を開始したのが、反地球連邦政府運動「マフティー」だ。リーダーの名は「マフティー・ナビーユ・エリン」。その正体は、一年戦争も戦った連邦軍大佐ブライト・ノアの息子「ハサウェイ」であった。
アムロ・レイとシャア・アズナブルの理念と理想、意志を宿した戦士として道を切り拓こうとするハサウェイだが、連邦軍大佐ケネス・スレッグと謎の美少女ギギ・アンダルシアとの出会いがその運命を大きく変えていく。
「機動戦士ガンダム」の富野由悠季監督が1989~90年にかけて全3巻で出版した小説「機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ」をアニメーション映画化した3部作の第1部。
アムロ・レイとシャア・アズナブルの最後の決戦を描いた映画「機動戦士ガンダム 逆襲のシャア」から12年後の宇宙世紀105年(U.C.0105)を舞台に、かつてアムロとシャアの戦いを見届けたハサウェイ・ノアが、腐敗した地球連邦政府に反旗を翻す姿を描く。