太平洋上で巨大漂流環礁が発見されたころ、九州の姫神島で謎の住民消失事件が発生。
「鳥!…鳥!…」という無線を最後に消息が途絶えたことから、調査に訪れた鳥類学者・長峰真弓は、そこで巨大怪鳥を目撃する。
一方、海上保安庁の米森と保険会社の草薙は環礁上にあった石板の碑文を解読。その結果、環礁がガメラ、怪鳥がギャオスという古代怪獣であることが判明し…
宇宙の守護神ガメラと超遺伝子獣ギャオスの壮絶なバトルを描いた特撮怪獣映画。
本作品は、65年に「大怪獣ガメラ」として登場したシリーズの9作目にあたり、80年の「宇宙怪獣ガメラ」に続く14年ぶりの作品である。最新のSFXを駆使して、迫力の映像を展開。
監督は「毎日が夏休み」の金子修介。脚本は「ネクロノミカン」の伊藤和典。特技監督に「未来の想い出 Last Christmas」の樋口真嗣がそれぞれあたっている。