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ストーリー / 解説

14年の歳月を経て目覚めたシンジは、ミサトら元ネルフ職員が新たなクルーを加えて結成した反ネルフ組織“ヴィレ”の戦艦AAAヴンダーにいた。エヴァンゲリオン初号機から発見されたのはシンジひとりで、綾波レイはいなかった。だが、シンジ奪還のため急襲をしかけてきたEVA Mark.09からレイの声を聞いたシンジは、ヴンダーを去りネルフへと向かう。そこで出会った渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えたことを知るのだった。