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マイアミ市警の敏腕ベテラン刑事コンビ、バッドボーイズことマイク(ウィル・スミス)とマーカス(マーティン・ローレンス)。彼らの亡き上司ハワード警部(ジョー・パントリアーノ)に麻薬カルテルと関係があったという汚職疑惑がかけられる。無実の罪を着せられた上司のために、独自に捜査をはじめた2人は、<容疑者>として警察からも敵組織からも追われる身に――。上司が遺した最後のメッセージ「内部に黒幕がいる。誰も信じるな!」という言葉を胸に、汚名返上のための命がけの戦いがマイアミを離れて繰り広げられる。