C.E.70…。「血のバレンタイン」の悲劇によって本格的な武力衝突へと発展したザフト・地球連合軍の戦いは熾烈を極め、多大な犠牲を払いながら第2次ヤキン・ドゥーエ攻防戦ののちに停戦条約が締結された。しかしこの停戦によってナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。その戦乱の中、シン・アスカは地球連合軍のオーブ侵攻に巻き込まれ、戦火を逃れる最中に眼前で両親と妹を失う。唯一の形見、妹の携帯電話を握り締め悲しみにくれる中、頭上をこの戦争の元凶であるモビルスーツ、ガンダムが飛び去っていく。失意のうちにオーブを去った彼はプラントへと渡る。そしてC.E.73彼はザフトの戦士となっていた。
『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』TVシリーズに新規カットやナレーションを加え再構成。PHASE-01〜13で構成された第1部「砕かれた世界」、PHASE-14~28で構成された第2部「それぞれの剣(つるぎ)」、PHASE-29〜42で構成された第3部「運命の業火」、そしてPHASE-43〜FINAL PHASEで構成された完結編「自由の代償」の4部作。