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16世紀のスペイン。王子のドン・カルロスは、フランスの王女エリザベートと婚約していた。フォンテンブローの森で遭遇した2人は一目で恋に落ちるが、エリザベートは新たな講和条約に従って父王フィリップ2世に嫁ぐ。絶望したカルロスは、親友ロドリーグの勧めで新教徒が迫害されているフランドルの統治を望むが、それは父に対する反乱だった。カルロスと妻の仲を疑うフィリップ2世は反逆者カルロスの処分を大審問官に相談し、死罪を言い渡される。さらに大審問官はロドリーグの命を要求し…。