慶長19年。方広寺鐘銘事件を発端に、徳川幕府と豊臣家の間で勃発した戦国時代最後の大戦、大坂の陣。その皮切りである冬の陣を経て、徳川方と豊臣方の間で和睦交渉が行われるが、その裏には歴史をめぐる刀剣男士と時間遡行軍の戦いがあった。山姥切国広率いる部隊の働きにより、歴史の流れは守られたかに見えたが、定められた未来に一矢を報いようとする真田信繁が、歴史とは異なる局面で自刃。その事実は、ある者たちが信繁の影武者を仕立てたことで隠ぺいされる。そして大坂夏の陣の時代に、へし切長谷部を隊長とした部隊が出陣。たどり着いた大坂城下町で、刀剣男士たちは、豊臣滅亡という本来の歴史の流れがずれ始めていることを察する。