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西暦2205年、歴史改変をもくろむ歴史修正主義者たちから、定められた歴史を守るため生み出された「刀剣男士」たち。ある日、織田信長の愛刀で森蘭丸へ授けられた一振り・不動行光が、新たな刀剣男士として顕現する。信長の愛刀であったことに誇りをもつ不動行光は、同じく信長を元主とする宗三左文字、へし切長谷部、薬研藤四郎らとうまく噛み合わない。本丸の和が乱れる中、刀剣男士たちに天正10年の歴史的事件「本能寺の変」への出陣の命が下る。