遥か遠い昔、インドに栄えたマヒシュマティ王国。自らが伝説の英雄バーフバリの息子であることを知ったシヴドゥは、父の家臣カッタッパから、ある裏切りによって命を絶たれ、王座を奪われた父の悲劇を聞かされる…。
カーラケーヤとの戦争に勝利を収め、国母シヴァガミから王位継承を託されたアマレンドラ・バーフバリはクンタラ王国の姫デーヴァセーナと恋に落ちるが、王位継承争いに敗れたバラーラデーヴァは、バーフバリとデーヴァセーナの仲を裂き、バーフバリを王座から引き降ろすべく邪悪な策略を巡らしていた。
やがて、王位を奪ったバラーラデーヴァはバーフバリと生まれたばかりのその息子の命を亡きものにしようとする…。
父バーフバリはなぜ殺害されなければならなかったのか?母デーヴァセーナはなぜ25年もの間、鎖に繋がれていたのか?すべてを知ったシヴドゥはマヘンドラ・バーフバリを名乗り、暴君と化したバラーラデーヴァに戦いを挑む!