あいつが、待っている。-想いを背負い、新たな、そして未来への戦いへ。
汎銀河統一帝国を名乗る謎の勢力“ウルガル”の襲撃を受け、存亡の危機に陥った地球。
遺伝子操作によって戦うために生まれた子どもたち、イズル、アサギ、ケイ、タマキ、スルガ、アンジュの「チームラビッツ」は、最新鋭の戦闘デバイス「AHSMB(アッシュ)」で戦いを挑む。
ウルガルの拠点を叩く決戦で勝利するが、その戦闘でイズルは重傷を負い昏睡状態となってしまう。
戦闘母艦ゴディニオンでイズルの回復を祈るアサギたち。
そんな中、ウルガルの皇族の遺伝子を持つディオルナがその姿を現し、残存部隊を統率して地球へと侵攻する。
狙うは、ラビッツの母校・グランツェーレ都市学園の地下に眠る“遺伝子”。
イズルの意識が戻らない中、「イズルのぶんまで戦う」と決意するアサギ。
チームラビッツ、そして新アッシュを駆るチームフォックスは最後の戦いへと出撃していく。
久しくオリジナルロボットアニメが生まれていなかった2013年4月、『銀河機攻隊マジェスティックプリンス』は放送をスタート。緻密なSFの世界設定、時にノスタルジーすら感じさせる笑顔と涙のドラマ、CGプロダクションのオレンジによる圧倒的なハイクオリティロボットバトルの描写が絡み合った“マジェプリ”は大きな反響を呼び、アニメファンに確かな印象を残した。そして2016年、戦いは劇場版へと昇華する。