影の軍団ミュータント・ニンジャ・タートルズが さらなる興奮と驚きと爆笑を引っさげ この夏スクリーンで疾風怒濤に暴れまわる!
タートルズの宿敵シュレッダーは、マッドサイエンティストのバクスター・ストックマン博士と、マヌケな子分ビーバップとロックステディの協力で脱獄を果たし、再びNYを恐怖に陥れようとする。タートルズたちはTVレポーターのエイプリル・オニール、そして新たな仲間、ホッケーマスクをかぶったNY市警のケイシー・ジョーンズらとともに悪事を阻止しようとするが、彼らの前に立ちはだかるのはイノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ&ロックステディだった!
さらには異次元からきた新たな敵、悪の帝王クランゲの世界征服の野望も加わって、戦いの舞台はNYからブラジル、そして空中戦へともつれ込む!
そんな中、甲羅よりも強い絆で結ばれていたはずのタートルズに分裂の危機が…?!最大のピンチを迎えたタートルズは世界を、そして仲間を救えるのか―?
1984年の原作コミック誕生以来、様々なジャンルでブームを巻き起こし、世代を超えて愛されるタートルズの2年ぶりの映画化!
ますますパワーアップした<レオナルド><ラファエロ><ミケランジェロ><ドナテロ>…世界最強の4兄弟が、仲間を守るため、世界を救うため、NYの街を飛び出し、今度は世界を舞台に暴れまわる!